黄鳝生活于水体底层，喜穴居，常在湖沼、河流、塘堰、沟渠及稻田等水底或堤埂处挖穴栖居。黄鳝洞长约为体长的3倍左右，洞内弯曲交叉。每个沿穴一般有两个以上洞穴。洞穴出口常在接近水面处，以便它将头伸出呼吸空气。黄鳝的活动习性是昼伏夜出，即白天静卧洞内，晚上出洞觅食。可根据此习性进行夜间捕捉。黄鳝的鳃呈退化状态，主要依靠表皮和辅助呼吸器官直接从空气中呼吸氧气。因此在氧气含量很低的水中也能正常生活，据此，人工养殖的密度可以加大。黄鳝体表的粘液丰富，只要保持体表潮湿，就不会死亡，因此运输十分方便。
黄鳝的食性以底栖动物性食物为主，如水蚯蚓、螺蚌、蝌蚪、小型鱼虾等。另外也摄食一些腐屑和藻类、瓜菜等。
黄鳝的繁殖习性有许多特殊之处。雌黄鳝生殖腺左右大小不一，右侧发达，左侧退化。一般2龄鱼可达性成熟。黄鳝繁殖的特点是有“性逆转”现象。从胚胎期间到次性成熟是雌性个体，产卵后的卵巢逐渐变为精巢，第二次性成熟时则排出精子，以后终生为雄性。若以黄鳝的长度来划分，则体长在22厘米以下者全为雌性；36厘米左右，雌雄个体数各占1半；53厘米以上的个体，则全部为雄性。黄鳝的产卵期在4～8月，怀卵量较少，一般为500粒左右。产卵时亲鱼常在其穴居的洞口吐泡沫，卵就产在洞口附近的水生植物根部或石缝间，泡沫有保持鱼卵的作用。受精卵一般8天左右孵出幼鱼，孵出后12天左右，幼鱼可主动游泳、觅食，这期间的幼鱼靠雌雄亲鱼保护，依靠卵黄囊营养。
黄鳝的生长较缓慢，1龄鱼可长至20厘米，2龄鱼长至30厘米，3龄鱼可长至40厘米。人工养殖的黄鳝，其生长速度与饵料充足与否有关，在饵料充足的情况下，一般要比自然界中生长得快。
黄鳝的活动与水温有密切关系，其生长的适宜水温是15～30℃。水温低于10℃时停止摄食，进入冬眠；水温开至15℃以上，开始正常捕食；当水温超过30℃时，钻入洞穴度夏。
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