水晶虾死亡原因由很多，但不外乎是以下几种情况引起的：
1、自相残杀
水晶虾常常会自相残杀，尤其在饲养密度太高的情况下，被攻击的对像往往是刚脱完壳的个体。刚脱壳的个体由于身上带有些许的腥味而引来同类的攻击。
预防方法：密植水草，让虾子有隐密之处所，以躲避别的虾子的攻击。
2、冻死
水温太低将影响水晶虾的活动力，虾子的体温极限为10摄氏度，低于10摄氏度很容易导致虾子死亡。
预防方法：使用恒温器，用来自动控制鱼缸中的温度，可以长期保持温度恒定。
3、涡虫之攻击
涡虫主要寄生于虾子的皮肤上，使虾子的呼吸功能受到严重破坏，引起鳃组织增生及分泌大量粘液，这使得水中的脏物容易粘附在鳃丝上，因此肉眼观察，严重时虾子呼吸困难，呈缺氧状在水面漫游，不久死亡。涡虫病的感染和水晶虾的健康状况密切相关，如果水晶虾健壮，则感染率低，一旦温度下降，虫体从水晶虾上自然脱落，水晶虾很快恢复健康。反之，死亡率大大增加，特别是一些平时较瘦弱及营养不良的水晶虾，更易造成大量死亡。
预防方法：预防涡虫病可以在网箱中悬挂硫酸铜缓释片，同时在饵料中添加复合维生素，增强水晶虾抵抗力。大量寄生时，可以使用“原虫尽”或“渔经高铜”（皆为硫酸铜、硫酸亚铁合剂）在早晚投喂饵料时高浓度泼洒药浴治疗。
4、由于跳缸而干死
如果出现这种情况，建议水槽的水位不能设太满，约离缸缘六公分以上为佳。
5、抱卵死亡
一般是由水质恶化引起，若虾子脱壳不完全，也会出现这种情况。
预防方法：可以改用瓷盘养虾子，如果用的是鱼缸，就一定要添加过滤器，过滤出鱼缸中的污物，保持水质清洁，起增加氧量净化水质的双重作用。
6、健康状况不良之个体
要虾子健康状况是一件蛮难的事，所谓的不良个体，大可以从体色混浊，尾足摆动趋缓来辨别。如果虾子是由于体质问题死亡，那除了增加母体体质，并没有更好的办法。
预防方法：可以通过饮食改良虾子体质。虾是杂食性的，基本上以“素”为主：粒粮、片粮、红虫、丰年虾、苔藓、水藻、水草、泥中矿物质、淡水虾专用粮、有机波菜等都可食用，但是忌食死鱼。波菜是水晶虾喜欢吃的食物之一，而其他的饵料如水晶虾专用饲料、冷冻赤虫（会有带菌的风险，不建议）、昆布（海带）或是煮熟的波菜，都是约一星期喂1～2次。若其不肯进食，则代表水质已经改变，要赶紧换水。还有研究指出：水晶虾除了以素为主，其次就是泥中矿物质，所以缸底有泥会较好。而幼虾主要的食物是青藻青苔和水中微小生物。
7、病死
虾子如果不幸病死，为了避免其他虾子遭受病菌的感染，将死亡的虾子马上从水槽中移除。
8、不明原因
这是危险的讯号，虾子行动变得迟钝，然后体色便透明而混浊，不久之后就死亡。
9、休克死亡
会出现这种情况，一般也是由水质引起的，水的温度和ＰＨ值不合格，就会致使虾子非正常死亡。
预防方法：要繁殖出优质水晶虾，关键的是水质。水晶虾不同于一般观赏鱼，它对水质非常敏感。在水质选择方面，重要的是降低水中“杀手”--例如控制像氨等有害物质的含量，这是使水晶虾优质的先决条件。由于水晶虾对水质要求较高，因此缸內水的pH值要控制在5--8之间，KH值（水的相对硬度）在16之间。一般情況下，pH值6.2--6.8，KH值1-2的条件较为适宜。但若时要注意如果pH值高于7.5也会造成危险。除氯和pH振温会导致水晶虾休克或者健康状况不好，出现到处浮游的现象，严重的情况下，水晶虾会在数小时或数日后死亡。如发现水晶虾的颜色变淡，便是水质开始恶化的表现。
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