畜舍粪便清除通常采用机械消除和水冲清除。
（一）机械清除 ：当粪便与垫料混合或粪尿分离，呈半干状态时，常采用此法。清粪机械包括人力小推车、地上轨道车、单轨吊罐、牵引刮板、电动或机动铲车等。
采用机械清粪时，为使粪与尿液及生产污水分离，通常在畜舍中设置污水排出系统，液形物经排水系统流入粪水池贮存，而固形物则借助人或机械直接用运载工具运至堆放场。这种排水系统一般由排尿沟、降口、地下排出管及粪水池组成。为便于尿水顺利流走，畜舍的地面应稍向排尿沟倾斜。
1.排尿沟 排尿沟用于接受畜舍地面流来的粪尿及污水，一般设在畜栏的后端，紧靠除粪道，排尿沟必须不透水，且能尿水顺利排走。排尿沟的形式一般为方形或半圆形。乳牛舍宜用方形排尿沟，也可用双重尿沟，排尿沟向降口处要有1-1.5%的坡度，但在降口处的深度不可过大，一般要求牛舍不大于15cm。
2.降口 通称水漏，是排尿沟与地下排出管的衔接部分。为了防止粪草落入堵塞，上面应有铁篦子，铁篦应与尿沟同高。在降口下部，地下排出管口以下，应形成一个深入地下的伸延部，这个伸延部谓之沉淀井，用以使粪水中的固形物沉淀，防止管道堵塞。在降口中可设水封，用以阻止粪水池中的臭气经由地下排出管进入舍内。
3.地下排出管 与排尿管呈垂直方向，用于将由降口流下来的尿及污水导入畜舍外的粪水池中。因此需向粪水池有3-5%的坡度。在寒冷地区，对地下排出管的舍外部分需采取防冻措施，以免管中污液结冰。如果地下排出管自畜舍外墙至粪水池的距离大于5m时，应在墙外修一检查井，以便在管道堵塞时进行疏通。但在寒冷地区，要注意检查井的保温。
4.粪水池 应设在舍外地势较低的地方，且应在运动场相反的一侧。 距畜舍外墙不小于5m。须用不透水的材料做成。粪水池的容积及数量根据舍内家畜种类、头数、舍饲期长短与粪水贮放时间来确定。粪水池如长期不掏，则要求较大的容积，很不经济。 故一般按贮积20-30天、容积20-30㎡来修建。 粪水池一定要离开饮水井l00m以外。
（二）水冲清除 ：这种办法多在不使用垫草，采用漏缝地面时应用。其优点是：省工省时、效率高。缺点是：漏缝地面下不便消毒，不利于防止疾病在舍内传播；土建工程复杂；投资大、耗水多、粪水贮存、管理、处理工艺复杂；粪水的处理、利用困难；易于造成环境污染。此外，采用漏缝地面、水冲清粪易导致舍内空气湿度升高、地面卫生状况恶化，有时出现恶臭、冷风倒灌现象，甚至造成各舍之间空气串通。这种清粪系统，由下述几部分组成：
1.漏缝地面 所谓漏缝地面，即是在地面上留出很多缝隙。粪尿落到地面上，液体物从缝隙流入地面下的粪沟，固形的粪便被家畜踩入沟内，少量残粪用人工略加冲洗清理。漏缝地面比传统式清粪方式，可大大节省人工，提高劳动效率。
漏缝地面可用各种材料制成。在美国，木制漏缝地面占50%，混凝土制的占32%，用金属制的占18%。但木制漏缝面板很不卫生，且易于破损，使用年限不长。金属制的漏缝地易遭腐蚀、生锈。混凝土制的经久耐用，便于清洗消毒，比较合适。也有用塑料漏缝地面的，它比金属制的漏缝地面抗腐蚀，且易清洗。
2.粪沟 位于漏缝地面下方，其宽度不等，视漏缝地面的宽度而定，从0.8m到2m；其深度为0.7一0.8m；倾向粪水池的坡度为0.5-1%。
水冲清粪由于耗水量多、粪水贮存量大、处理困难、生产中为节约用水可采取循环用水办法。不过循环用水可能导致疫病的交叉感染。此外，也可采用水泥盖板侧缝形式，即在地下粪沟上盖以混凝土预制平板，平板稍高于粪沟边缘的地面，因而与粪沟边缘形成侧缝。家畜排的粪便，用水冲入粪沟。这种形式造价较低，不易伤害家畜蹄部。
3.粪水池（或罐） 粪水池（或罐）分地下式、半地下式及地上式三种形式。不管哪种形式都必须防止渗漏，以免污染地下水源。此外实行水冲清粪不仅必须用污水泵，同时还需用专用槽车运载。而一旦有传染病或寄生虫病发生，如此大量的粪水无害化处理将成为一个难题。许多国家环境保护法规规定，畜牧场粪水不经无害化处理不允许任意排放或施用，而粪水处理费用庞大。
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