养马基地内的卫生工作不可忽略，马的健康成长，避免疾病发生。
饲槽要经常洗刷，至少每星期用热水洗刷消毒一次。
马棚要勤扫勤垫，经常更换一些垫地沙土，使地面不太干燥也不过分潮湿。地面太干，容易使马蹄干裂，以致发生蹄肿狭窄等毛病。地面太湿，则容易发生蹄底、蹄叉腐烂等毛病。
应当经常刷拭马体，每天出工前应刷一刷。马的汗液较粘，沾附污垢后，给细菌和寄生虫提供温床，快速生长繁衍，容易使马得皮肤病。
经常注意给马修蹄和挂掌。马蹄生长很快，每月大约可增长1cm，所以，建议每月削蹄一次，以免蹄子变形，影响肢势。挂掌的马，也应每月重新换长或换钉及削蹄一次，以防止马蹄变形或打滑。
马厩内的空间要充足，不能有拥挤现象。种公马和哺乳母马应单间饲养。马厩内应阳光充足，当时饲槽附件不能有直射光线。经常让马到外面晒是太阳，小马驹更需要多见阳光。
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