蜈蚣与全蝎、蛇、蟾蜍、蜘蛛被俗称为“中华五毒”，是我国传统的五味有毒的中药材之一。传统中医认为蜈蚣味辛、性温、有毒，蜈蚣具有镇惊、息风、解毒散结、通络止痛之功效。临床上多用于治疗小儿惊风、抽搐、口眼歪斜、破伤风、风湿、毒蛇蛟伤、疮疡、瘰疬、去毒杀虫等。
蜈蚣的药用早记录在枟神农本草经枠，这是早的一部药典，共记录了３６５种动、植物药材，蜈蚣即是其中之一。足见蜈蚣的药用在我国有悠久的历史。到了公元５０２～５５７年南梁时代，
陶弘景对枟神农本草经枠作过整理和增补，并对蜈蚣的产地和性状做了较详细的记载：“蜈蚣生大吴川谷及江南、头足赤者良”。“今赤足者多出京口长山、高丽山、茅山，于腐烂积草处”
现代医学测定，蜈蚣含二种似蜂毒的有毒成分，即组织胺样物质和溶血性蛋白质，还含有脂肪酸、胆甾醇、蚁酸等。还曾从蜈蚣体内分离出δ-羟基赖氨酸，其他的有机酸有组氨酸、精氨酸、鸟氨酸、赖氨酸、甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、丝氨酸、谷氨酸、牛磺酸，主要药用价值有抗肿瘤作用、止痉作用、抗真菌作用。
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