即使是刚从鸡体生出未的蛋，蛋壳上也可能有细菌，当蛋主在垫料或地面上，也容易被污染而带菌，这些细菌在壳上汉容易繁殖，若不进行消毒，细苗（特别是霉菌）繁殖过多，侵袭蛋内，影响孵化效果，并可能将疾病传播给雏鸡。尤其是雏鸡白痢病，危害很大，因此蛋的消毒非常重要。

方便普遍的方法就是用福尔马林熏蒸法。按每立方米15毫升福尔马林和7克高锰酸钾计算用量。把种蛋放入孵化器后关闭进出气孔，称好高锰酸钾，放入一个陶瓷或玻璃容器内，再加进所需的福尔马林等量的水，关闭机门，开动风扇，利用甲醛气，种蛋和孵化器都能同时消毒。记得空机试运行时消毒1小时，带蛋消毒半小时。以后分批进蛋前可将种蛋浸入0.2%新洁尔灭溶液中2-3分钟。或将种蛋放在0.5%的高锰酸钾溶液中浸泡1分钟，沥干后入孵，亦可消毒种蛋。