不论本品种选育或杂交繁育，有可能会发生近亲的关系。就马匹改良来说，在某地因为高度利用少数几匹或一匹的种公马，它们的后代就容易产生都是有如兄弟姐妹，或祖?蜃嫠铩⒏缸蛹扒资糁涞难彻叵怠Ｕ庵智榭鐾怯捎谌狈π碌闹止聿钩浣矗系闹止硭懒耍荒艽铀暮蟠醒〕鲋致砑绦舜伺渲郑ぞ靡院螅突嵩斐纱笈砥ザ际遣煌潭鹊慕籽倒叵怠?BR近亲繁殖有好处也有害处，要一分为二来看。它的好处是能把一匹或几匹种公马及一些母马的优良品质保存巩固下来并传给后代，不过这要进行严格的选种选配，不能把这些近亲关系的后代不加选择地全部都继续用来配种，否则必然流于血统混乱，更难整理。在马种改良中，如采用这种方法必须有限度的采用。因此，马匹登记制度在这里就显得更重要了。

但是，由于盲目地滥用亲缘繁殖，必然会带来坏处，如后代体质弱，生产能力降低，生长发育差等。这是由于近亲繁殖时，父母双方生殖细胞之间的差异越来越小的缘故。

无论采取本品种选育还是杂交法改良马种，尤其在育种的阶段，如果见到有近亲繁殖的不良倾向时，就应停止继续这样做，的办法是引用同品种而没有血统关系，体质结实的种公马参加配种以代特原有的种公马，称为血液更新。或者淘汰那些已出现某些严重缺点的公、母马，不再供繁殖用，而只是把那些母马另用体质结实的壮年公马交配，然后再 观察它的结果。

退化，就应采用纯种繁育的方法来巩固和提高它们的品质。