肉鸡发病后，及时采用高免卵黄抗体+干扰素诱导剂混合摇匀，胸部肌肉注射一次(紧急接种)；也可选用3～4倍量的干扰素或植物血凝素和聚肌胞等+适量利巴韦林+囊炎净(黄芪、板兰根、当归、党参、白术、茯苓、陈皮等)，混合饮用，一天一次，连续用药三天。用药7～8天后或待30日龄内，再采用3倍量的鸡新城疫弱毒疫苗饮水重免一次。

防治继发病，确保成活率。在治疗法氏囊病的同时，应及时投服防治鸡大肠杆菌病的药物(如头孢类与氟喹诺酮类或氨基糖苷类抗菌素等)，并且，配合投服抗病毒药物(利巴韦林和黄芪多糖)，一天两次，连续用药4～5天。如此同时，晚上饮用通肾护肾药(如健肾宝、肾喉通、五皮散或肾肿解毒药等)7～8小时。