柴鸡免疫应结合当地的生产实际而定，可参照当地商品蛋鸡的免疫程序，即4～5日龄用鸡新城疫、肾传支H120疫苗免疫。12日龄用法氏囊疫苗。18日龄用新城疫克隆30疫苗。20日龄用法氏囊疫苗。35日龄用新城疫Ⅳ系疫苗。40日龄用鸡痘刺种。60日龄再用鸡新城疫Ⅰ系疫苗肌肉注射免疫1次。

柴鸡除了上述免疫程序外，鸡痘病必须一年四季都进行免疫，因为冬季黏膜型鸡痘的发病也比较多。柴鸡育成期免疫接种要在晚上进行，因这时抓鸡方便。接种时应做到不漏一只鸡。疫苗打开后在1～2小时内用完，多余的疫苗应深埋处理。雷雨多的季节，鸡只易出现应激，在育成鸡舍内一定要用竹竿或木棍绑上充足的人字架，以免惊群扎堆，压死鸡只。