对奶牛健康和生产性能有明显影响的主要霉菌毒素是黄曲霉素B1、呕吐毒素、T-2毒素和玉米赤霉烯酮。黄曲霉素B1、呕吐毒素、T-2毒素会引起奶牛胃肠炎、肠道出血、瘤胃功能紊乱、腹泻和酮病，并且还会造成牛奶污染、奶产量降低和乳房炎。

呕吐毒素和T-2毒素都会引起奶牛采食量下降，产奶量降低和饲料利用效率降低。呕吐毒素还会造成奶牛瘸腿。玉米赤霉烯酮会造成奶牛发情紊乱，受胎率降低，卵巢囊肿、胚胎损失和流产。

围产期奶牛，泌乳高峰期的头胎奶牛，应激、发病和老龄奶牛，犊牛和后备牛等对霉菌毒素为敏感。