目前使用的疫苗里流行性腹泻病毒抗原不足或免疫源性差可能是造成这次全国大范围猪群发生病毒性腹泻的主要原因。由于此类病毒属于冠状病毒，极易变异，给现有灭活苗的免疫保护带来困难。

近年来，引起疫情的流行性腹泻病毒同早几年前在我国流行的病原有点不同，病原的特性和流行特点更类似于韩国分离毒株。

传染性胃肠炎和流行性腹泻病毒属于肠道病毒，理论上只有口服疫苗产生的局部抗体介导免疫或弱毒疫苗产生的细胞介导免疫（CMI）才有较好免疫效果。猪场对本病的免疫不够重视，很多猪场在冬季来临前只匆忙免1-2次，甚至不免也是助推此类疫情发生的重要因素。

一些猪场的猪群中潜伏蓝耳病毒、圆环病毒和饲料中的霉菌毒素等导致的免疫抑制，不但影响免疫抗体的产生，更影响机体清除体内致病病原的能力。部分猪场哺乳仔猪拉稀可能伴有蓝耳病毒和猪瘟病毒的并发或混合感染。

猪场产房内的有效保温始终是个令人头痛的问题，产房内低温寒冷和母猪无乳会加剧疫情的蔓延和加重发病程度。