在很多国家，抗生素和化学抗菌物质已经被官方禁止在饲料中使用，或者严格限制使用。由于法律的强制要求或者是作为一种预备措施，为了替代饲料中抗生素的使用，一系列添加剂可以被采用，同时采取一些干预措施，包括农场的生物安全控制方案和饲料配方技术，可以较好的解决这个问题。

饲料添加剂替代抗生素

饲料添加剂——锌

氧化锌或许是最有替代抗生素潜能的添加剂，因为它有明确的抑菌和杀菌作用，并且它能帮助受到损伤的组织恢复（比如对于刚断奶的仔猪，断奶初期会因为采食量下降而导致肠道受损）。

饲料添加剂——铜

一般而言，铜和锌具有同样的作用，特别是在小猪日粮中作用明显，但是铜对于刚断奶仔猪作用不明显。无论如何，铜对于抵抗幼龄动物的腹泻而言作用很大，而且作为综合方案的一部分，使用铜具有明显的成本优势。

饲料添加剂——有机酸

一些确定的有机酸具有较强的抵抗病原菌的能力，但是低剂量（1~2kg）的有机酸不足于控制肠道中的病原菌。每吨饲料加入5~10kg是必须的，至少从目前的研究结果来看，这个剂量是有效的。

饲料添加剂——植物提取物

一些来源于植物的复合物，比如从香料和中草药中提取的物质，体外实验表明其具有很强的抑菌能力，但是实际的动物饲养实验，由于实验条件的不同和提取物的来源不同，结果仍有争议。但明显的是，对于这类物质的研究仍在继续，在实际的应用中，植物提取物和有机酸联合使用，往往会表现出更强的综合杀菌作用。

饲料添加剂——碳水化合物酶

这类酶制剂可以减少谷物中的非淀粉多糖水平，如小麦、大麦、燕麦和黑麦。这些抗营养因子，如果不能被消除，会增加食糜的粘度，从而使得肠道中的细菌增殖。

饲料添加剂——纤维素

也称之为益生元，这些特定的纤维素可以作为肠道有益菌的食物，通过增加有益菌的数量从而间接地抑制病原菌的繁殖。通常，功能性的纤维素和益生素联合使用。

饲料添加剂——免疫球蛋白

免疫球蛋白通常用来针对性地控制一些病原菌，它们可以跟踪和消灭这些病原菌，而且非常有效，因为它们和受感染动物肠道中分泌的天然免疫球蛋白类似。