水蚯蚓死后很容易腐烂，鳝鱼、泥鳅等只能吃活的水蚯蚓，否则容易患肠炎。所以，水蚯蚓的保存是一个十分重要的问题。

水蚯蚓的保存有带水保存法和脱水保存法。其优、缺点分别是：前者节约水，但虫不太干净，保存时间不长。后者可边保存边清洗，虫较干净，保存时间也较长，但浪费水。

脱水保存法就是将干净的虫体铺放在玻璃板或光滑的地坪上，注意阴凉同风，不要太阳直晒，每天向虫提表层喷水数次，可保虫2~3天。注意投喂前要再在水中清洗。

带水保存法就是将干净的虫置入浅水容器中，水位约10~20cm，每日换水3~4次。的方法是采用流水法或滴水法进行增氧，每天洗虫2~3次，可保存较长时间。洗虫时，轻轻揭起成团的虫放如另一容器中再洗，不要把盆底下的分泌物和死虫带入干净盆中。