鸡毒支原体在饲养管理较差的鸡舍发生，多为慢性经过，病程较长，如不及时治疗，可长达数月，若无其他疾病继发，死亡率较低。另外，常发生于疫苗接种之后或天气变化之时。

幼龄鸡病初临床表现为甩鼻，打喷嚏，咳嗽，呼噜，流浆液性，黏液性鼻涕，严重的伴有呼吸困难和喘鸣声；病鸡眼睛流泪，有时眼内有泡沫性液体，采食减少，生长发育迟缓，增重慢，病程长的病鸡眼内有干酪样物，严重时压迫眼球致使眼帘肿胀，手感发硬，呈“金鱼眼”样。成年鸡多为隐形感染，表现为呼噜，胸腹式呼吸，产蛋轻微下降，软壳蛋，沙皮蛋，薄壳蛋比例增加，种蛋孵化率降低，弱雏增加。

产蛋鸡发生该病时，常与卵黄性腹膜炎混合感染，引起一定的伤亡，如果没有大肠杆菌，流感，新城疫发生，基本上不会出现大批死亡。

解剖病鸡，鼻道，气管，支气管表现卡他性炎症，黏膜肿胀表面有灰白色黏液。该病主要侵害气囊，病初气囊浑浊变厚，腹腔内肠管间有多量气泡，随着病程的延长，气囊表面形成泡沫性黏液，严重病例气囊壁上形成黄色干酪样物，气囊内形成黄白色豆腐渣样物。若继发大肠杆菌，则可见纤维素性心包炎，肝周炎，腹膜炎。当病鸡眼帘肿胀时，眼内积有多少不等的干酪样物，严重者造成失明，有的眼下窦内积有干酪样物。