目前在全球存在的三类主要PEDV：『经典毒株（G1群）；变异毒株（G2群）（主要流行毒株，90%）；S-INDEL毒株（重组毒株）。』在欧洲，存在G2群、INDEL毒株，以INDEL毒株为主（乌克兰主要是G2群毒株）；在美洲，存在G2群、G1群、INDEL毒株，以G2群为主；在亚洲，存在G2群、G1群、INDEL毒株，以G2群为主。当前主要流行毒株在G2群，经典毒株在G1群，是现有疫苗难以提供免疫保护的主要原因。

据描述，PEDV经典毒株（CV777，G1群）的致病特征为：攻毒后表现轻微腹泻，绒毛萎缩，呈低方形；主要侵害空肠/回肠，细胞毒致病性不高，中等毒力。PEDV变异毒株（G2群）的致病特征为：10日龄以下仔猪水样腹泻，呕吐，死亡率;肠壁变薄，充血，内含水样粪便；血清中可检测到病毒；小肠绒毛折断、缩短、钝化并脱落；免疫荧光染色观察细胞主要分布空肠、回肠、十二指肠、结肠/盲肠。S-INDEL毒株的致病特征为：同PEDV变异毒株相比，发病率相同，死亡率下降；腹泻持续时间缩短；粪便病毒含量相近；绒毛隐窝比率升高。S-INDEL毒株的粪便和血清中的病毒含量较低；攻毒后的3天和7天，S-INDEL毒株在小肠、结肠、盲肠中的含量均低于变异株；诱导的病理损伤显著低于PEDV变异株。相对于CV777等经典毒株，变异毒株具有更好的交叉反应能力。”经典毒株疫苗对流行毒株不能提供完全保护，疫苗病毒含量在一定程度上影响疫苗效果，但疫苗毒株类型发挥关键的作用。